Notes de frais et facturation électronique : ce que change la réforme pour les entreprises en 2026
La généralisation de la facturation électronique à compter de 2026 ne se concentre pas uniquement sur les échanges entre entreprises. Elle transforme également certains processus internes, dont le traitement administratif et comptable des notes de frais. A ce titre, elle représente pour les entreprises une opportunité de structurer, sécuriser et automatiser la gestion des notes de frais tout en améliorant la visibilité sur les dépenses et la trésorerie disponible.
Dans le cadre de la réforme française sur la facturation électronique dont la mise en œuvre se fera progressivement entre les 1er septembre 2026 et 2027, toutes les entreprises assujetties à la TVA devront être en mesure d’émettre et de recevoir des factures électroniques (e-invoicing) et de transmettre les données de paiement et de transaction à l’administration (e-reporting). Une règle à laquelle les factures liées aux notes de frais n’échappent pas.
Cependant, compte tenu de la diversité des processus utilisés par les entreprises et leurs collaborateurs pour payer ces notes de frais, la réforme a identifié plusieurs « cas d’usage » les concernant. Ces derniers jouent un rôle central dans la mise en place de la facturation électronique. Ils permettent d'encadrer la diversité des situations rencontrées par les entreprises, bien au-delà du simple schéma d'émission d'une facture B2B standard. Sur les 44 cas d’usage définis à ce jour par l’administration fiscale, 5 concernent ainsi les notes de frais.
Les impacts de la réforme sur les processus de gestion des notes de frais
Ces cas d’usage relatifs aux notes de frais permettent notamment d’en définir les modalités de traitement dans le cadre de la réforme de la facturation électronique . Ces modalités sont en effet différentes si la facture est établie au nom de l’entreprise ou à celui du collaborateur.
1. Notes de frais concernées par l’e-invoicing
Si le collaborateur avance les frais mais demande une facture au nom de l’entreprise (cas numéro 5), cette dernière relève dans le cadre de la réforme, de l’e-invoicing . Le vendeur transmettra alors la facture sous format électronique (Factur-X , CII, UBL) via une plateforme agréée (PA) à l’entreprise avec le statut « Encaissée » (ou une mention d'acquittement équivalente selon la PA). Le collaborateur pourra pour sa part faire sa demande de remboursement sur la présentation d’un justificatif, comme auparavant. Les outils de gestion de notes de frais doivent dans ce cas pouvoir prendre en compte les différents formats de facture électronique.
Pour qu'une facture électronique fournisseur soit correctement routée vers l'entreprise, le collaborateur doit uniquement communiquer au fournisseur le numéro SIREN de la société. C'est notamment le cas pour une réservation d'hôtel, un billet de train ou toute prestation facturée au nom de l'entreprise. Le fournisseur, via sa propre PA, interroge ensuite l'annuaire central pour identifier la PA de destination associée à ce SIREN, c'est-à-dire son adresse de facturation électronique. Le collaborateur n'a donc aucune démarche technique à accomplir au-delà de la transmission du SIREN : sans ce numéro, le fournisseur ne peut pas établir de facture électronique conforme, ce qui expose l'entreprise à un risque de perte de TVA déductible.
Le paiement par carte logée ou carte bancaire professionnelle reste un moyen de paiement : il ne déclenche pas, à lui seul, l'émission d'une facture électronique. Si le fournisseur capte le SIREN de l'entreprise au moment de la transaction (cas numéro 7), une facture électronique est émise et transmise par e-invoicing.
2. Notes de frais concernées par l’e-reporting
En revanche, si le collaborateur avance les frais sans demander de facture adressée au nom de l'entreprise, il s'agit d'une transaction B2C (cas numéro 6). Comme pour toutes les ventes B2C, l'obligation d'e-reporting incombe au vendeur, qui transmet les données de paiement et de transaction à l'administration fiscale. Pour l'entreprise cliente, ce justificatif reste une pièce comptable interne. Il en va de même pour les paiements des péages et automates de parking effectués par les collaborateurs (cas numéro 27), ainsi que pour les notes de restaurant inférieures à 150 € (cas numéro 28). Le cas des transactions avec des fournisseurs étrangers relève de règles distinctes d'e-reporting international.
Ce seuil de 150 € HT s'applique en particulier aux notes de restaurant : en dessous de ce montant, l'administration fiscale tolère qu'une note de restaurant ne comporte pas l'identification complète du client, à condition d'y mentionner le taux et le montant de la TVA ainsi qu'un numéro séquentiel. Ce document reste alors un justificatif classique, et non une facture électronique structurée. Le collaborateur transmet son justificatif comme aujourd'hui, et le restaurateur déclare l'opération comme une vente B2C dans le cadre de l'e-reporting. Le même principe de tolérance s'applique aux tickets émis par les automates de parkings ou de péage, qui ne peuvent techniquement pas capter le SIREN de la société.
Sur le plan de la conservation, un justificatif simplement numérisé ou photographié avec valeur probante suffit pour ces montants : aucun format structuré (Factur-X, UBL, CII) n'est exigé. Cette tolérance ne concerne que la récupération de la TVA : elle ne dispense pas l'entreprise de ses propres règles de contrôle interne, comme l'exigence de mentionner le motif professionnel ou, pour un repas d'affaires, la liste des convives.
Dans le cadre de ces transactions, le collaborateur continuera d'être remboursé par l'entreprise sur la base du justificatif fourni (une tolérance administrative est à ce sujet prévue sur les tickets de péage et parking ainsi que sur les notes de restaurant, pour que l'entreprise puisse être éligible à la déduction de TVA). La démarche nécessite néanmoins une intégration fluide entre l'application de gestion des notes de frais et la Plateforme Agréée de l'entreprise, dont le rôle se limite ici à centraliser le justificatif reçu et à fiabiliser son rapprochement avec la note de frais correspondante.
3. Notes de frais et facturation électronique : quel circuit selon le type de dépense
La diversité des situations rencontrées par les collaborateurs impose d'identifier, dépense par dépense, le circuit applicable. Ce tableau récapitule les cas les plus fréquents.
Type de dépense professionnelle | Circuit applicable | Ce qu'il faut retenir |
|---|---|---|
Hôtel ou billet de train facturé au nom de l'entreprise | E-invoicing | Facture électronique transmise à la PA de l'entreprise ; SIREN de la société requis (le routage vers l'adresse de facturation électronique s'effectue automatiquement via l'annuaire central) |
Note de restaurant ≤ 150 € HT | E-reporting (tolérance) | Justificatif conservé par le collaborateur, sans démarche PA côté entreprise ; TVA déductible à sécuriser manuellement, sans pré-remplissage (vente B2C déclarée par le restaurateur) |
Note de restaurant > 150 € HT | E-invoicing | Facture électronique complète obligatoire au nom de l'entreprise, avec l'ensemble des mentions obligatoires |
Ticket de péage ou de parkings (automate) | E-reporting (tolérance) | Justificatif conservé et complété par le collaborateur ; hors champ de la facturation électronique structurée |
Abonnement télépéage ou carte carburant | E-invoicing | Facture électronique périodique transmise directement à la PA |
Frais kilométriques | Hors champ de la réforme | Déclaration interne selon le barème et la politique de dépenses de l'entreprise |
Dépense engagée à l'étranger | Hors champ de l'e-invoicing domestique | Justificatif conservé par le collaborateur ; règles de TVA et d'e-reporting international spécifiques à vérifier |
Cette diversité de circuits illustre pourquoi la gestion des dépenses professionnelles et des frais de déplacement ne peut plus reposer sur un traitement manuel : chaque catégorie de dépense doit être identifiée en amont pour sécuriser la TVA déductible et la transmission des données à l'administration fiscale.
La facturation électronique, une opportunité d’inclure les notes de frais dans le pilotage global des dépenses
« La réforme ne supprime donc pas les notes de frais mais elle transforme leur traitement administratif et fiscal » , précise Manuelle Douroux, Directrice BU Gestion des dépenses collaborateurs chez Agicap. Elle pousse les entreprises à repenser leurs pratiques internes et à automatiser leur processus de gestion des dépenses et notes de frais. « Cette réforme représente également une opportunité d’intégrer la gestion des notes de frais dans le pilotage global des dépenses de l’entreprise ». Une démarche d’autant plus importante à réaliser que 63% des DAF ont des difficultés à maîtriser les dépenses sauvages qui ne respectent pas les budgets établis ou qui contournent les processus d’approbation (Etude Agicap le “Panorama PME-ETI 2025 : Les défis de la gestion du poste fournisseurs” ). Or, la fréquence et l’importance des dépenses “sauvages” sont des indicateurs clés de l’efficacité des processus budgétaires et du contrôle des dépenses dans une entreprise.
1. Procédures et moyens de paiement liés aux frais professionnels mieux définis
« Avec la réforme sur la facturation électronique, les entreprises vont ainsi être amenées à formaliser les règles internes en matière de gestion des notes de frais et de moyens de paiement ce qui, in fine, contribuera à sécuriser la récupération de la TVA, à éviter les erreurs déclaratives et à renforcer le pilotage des dépenses et notes de frais des collaborateurs », poursuit Manuelle Douroux. Elle est en effet l’occasion de définir clairement les moyens de paiement à privilégier, les justificatifs acceptés, les plafonds autorisés, les circuits de validation requis. Elle permet également aux entreprises de poser les conditions préalables à un remboursement, telles que par exemple l’obligation de fournir une facture au nom de l’entreprise.
2. Une gestion des dépenses automatisée et centralisée
« Au-delà des impacts en amont sur les politiques internes des dépenses, la réforme aura aussi des impacts en aval sur le traitement comptables des justificatifs et factures”, précise Manuelle Douroux. En obligeant les entreprises à recevoir et traiter des factures électroniques structurées via des Plateformes Agréées (PA), la réforme favorise en effet l'automatisation, la standardisation des données et l’intégration entre les outils comptables et financiers. Le rapprochement entre les factures électroniques reçues via leur PA et les notes de frais soumises par leurs salariés se fera automatiquement. Les entreprises amélioreront alors leur fiabilité comptable et accélèreront les délais de traitement de ces notes de frais. « Ces notes de frais, qui étaient souvent gérées de manière plus isolée (applications dédiées, circuits d’approbation parallèles, ressaisies comptables), pourront désormais être intégrées dans un même écosystème digital », souligne Manuelle Douroux.
D’autre part, l’exigence de traçabilité de la réforme renforcera la qualité des données disponibles. Lorsque les dépenses engagées par les salariés sont adossées à des factures électroniques, au nom de l’entreprise, les informations deviennent exploitables en temps réel : nature de la dépense, fournisseur, taux de TVA, centre de coûts, projet concerné, etc. Cette richesse des données permet d’aller au-delà du simple remboursement, pour analyser des tendances, identifier d’éventuelles dérives budgétaires, négocier avec certains fournisseurs ou encore ajuster une politique interne.
La réforme est également une opportunité de centraliser l’ensemble des dépenses – achats fournisseurs classiques et frais engagés par les salariés – dans un système cohérent. L’entreprise obtient alors ainsi une vision consolidée de ses engagements financiers et améliore la gouvernance de ses dépenses.
Éviter la double comptabilisation d'une dépense déjà réglée par l'entreprise
Lorsqu'un collaborateur règle une dépense professionnelle sur place, avec sa carte personnelle ou une carte professionnelle non rattachée au SIREN de l'entreprise, le fournisseur est déjà payé. La facture électronique reçue ensuite par la PA de l'entreprise porte alors la mention d'acquittement ou le statut « Encaissée » correspondant. Le risque n'est donc pas un double règlement au fournisseur.
Le risque réel se situe à deux niveaux pour la direction financière. D'une part, une même dépense professionnelle peut être enregistrée deux fois en comptabilité générale : une fois via la note de frais soumise par le collaborateur, une seconde fois via la facture électronique reçue directement par la PA, si les deux flux ne sont pas rapprochés. D'autre part, l'entreprise peut rembourser à tort le collaborateur pour une dépense qu'elle a déjà réglée elle-même. C'est le cas lorsque le fournisseur a capté le SIREN de l'entreprise au moment du paiement (carte logée, ou carte professionnelle paramétrée pour transmettre cette donnée) et a, de ce fait, émis directement une facture électronique au nom de l'entreprise.
Pour l'éviter, l'entreprise doit mettre en place des contrôles de cohérence permettant de rapprocher automatiquement la facture électronique, la transaction associée et la note de frais soumise par le collaborateur, avant toute validation dans le circuit de remboursement ou toute écriture comptable. Le suivi des statuts du cycle de vie de la facture électronique, en particulier le statut « Encaissée », renforce ce dispositif en signalant qu'une facture a déjà été acquittée. Cette vigilance concerne l'ensemble des dépenses professionnelles impliquant un collaborateur en tiers payeur, qu'il s'agisse de frais de déplacement, de notes de restaurant ou de prestations facturées directement à l'entreprise.
Intégrer la Plateforme Agréée avec l’outil de gestion des dépenses et notes de frais pour tirer le meilleur parti de la réforme
En intégrant un outil de gestion des dépenses et des notes de frais à sa PA, une entreprise réalise des gains bien supérieurs à la simple conformité : elle sécurise et fiabilise ses processus, et bénéficie d'un pilotage bien plus fin de ses dépenses.
1. Sécurisation de la conformité
Une PA assure la réception et l’émission des factures électroniques dans le respect des exigences fiscales. Si l’outil de gestion des dépenses et des notes de frais est directement intégré dans la PA, les factures reçues au nom de l’entreprise peuvent alors être automatiquement rapprochées des dépenses déclarées par les collaborateurs. Cette automatisation du processus limite ainsi les erreurs de saisie, les oublis et les risques de non-conformité en matière de TVA.
2. Récupération optimisée de la TVA
Lorsqu’un salarié engage une dépense et demande une facture au nom de l’entreprise, la facture électronique est reçue via la PA de l’entreprise et intégrée directement dans son système comptable sans ressaisie. Le lien entre la note de frais et la facture structurée est également assuré automatiquement. L’intégration de l’outil de notes de frais avec la PA sécurise ainsi le droit à déduction de TVA et réduit le risque de perdre tout ou partie de la TVA faute de justificatif conforme.
3. Automatisation des processus
Cette intégration contribue par ailleurs à l’automatisation de l’ensemble des processus liés à la gestion des notes de frais et au contrôle des dépenses (workflows, règles, budgets, plafonds de cartes…). Elle facilite ainsi la collecte des pièces et permet de supprimer les doubles saisies entre l’application de notes de frais, la comptabilité et la plateforme de facturation électronique. Les données circulent de manière fluide : affectation analytique, centre de coûts, intégration dans les prévisions de trésorerie . Les délais de traitement sont réduits et les remboursements peuvent être accélérés.
4. Amélioration du pilotage des dépenses
En centralisant les factures fournisseurs, flux bancaires, paiements par cartes et notes de frais dans un même environnement, l’entreprise dispose également d’une vision globale de ses dépenses avec un détail précis dépense par dépense. Elle peut ainsi analyser les dépenses selon leur typologie, par équipe ou par fournisseur et mettre en place des actions pour mieux les optimiser.
5. Renforcement du contrôle interne
Compléter sa PA par un outil de gestion des dépenses robuste permet de renforcer le contrôle interne. Les règles de validation peuvent en effet être paramétrées directement dans l'outil (plafonds, justificatifs obligatoires, conformité fiscale), réduisant ainsi les risques de fraude. Les rapprochements automatiques entre facture électronique et note de frais limitent par ailleurs les erreurs comptables, ainsi que le risque de double comptabilisation ou de remboursement à tort d'une dépense déjà réglée par l'entreprise, l'un des principaux points de vigilance identifiés dans la mise en œuvre de la réforme.
6. Expérience utilisateur améliorée
Enfin, grâce à cette intégration, les collaborateurs disposent d’un outil unique pour déclarer leurs frais, suivre l’état de leurs remboursements et s’assurer que les justificatifs sont conformes (application mobile, cartes adaptées). Les équipes financières, de leur côté, gagnent du temps et peuvent se concentrer davantage sur l’analyse et le pilotage que sur les tâches administratives.
Autant de bénéfices qui pourraient être encore bien plus importants si la Plateforme Agréée et la solution de gestion des dépenses et des notes de frais étaient dans le même environnement que la trésorerie et la gestion du cycle achats.
Autant de bénéfices qui pourraient être encore bien plus importants si la Plateforme Agréée et la solution de gestion des dépenses et des notes de frais étaient dans le même environnement que la trésorerie et la gestion du cycle achats.
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FAQ : facturation électronique et notes de frais
Qu'est-ce qu'une note de frais dans le cadre de la réforme de la facturation électronique ?
Une note de frais est le document interne par lequel un collaborateur déclare une dépense professionnelle engagée pour le compte de l'entreprise, en vue d'un remboursement ou d'une justification comptable. Elle ne remplace pas la facture électronique lorsque celle-ci est requise : les deux documents coexistent et doivent être rapprochés.
Selon les cas d'usage recensés par la DGFiP et l'AFNOR (norme XP Z12-014), plusieurs cas d'usage concernent spécifiquement les frais avancés par les collaborateurs, qu'ils relèvent de l'e-invoicing (facture au nom de l'entreprise) ou de l'e-reporting (justificatif classique, transaction B2C). Cette distinction détermine le circuit de transmission des données et les obligations de conservation applicables à chaque dépense.
Quelle est la différence entre l'e-invoicing et l'e-reporting pour une note de frais ?
Une note de frais relève de l'e-invoicing lorsque la facture est établie au nom de l'entreprise et transmise par une Plateforme Agréée (PA). Elle relève de l'e-reporting lorsque la dépense reste attachée au collaborateur, sans mention du SIREN de la société, et que le fournisseur déclare l'opération comme une vente B2C.
Cette distinction a des conséquences concrètes : dans le premier cas, la facture électronique est intégrée automatiquement à la comptabilité de l'entreprise via sa PA. Dans le second, la TVA déductible reste à sécuriser manuellement à partir du justificatif transmis par le collaborateur, sans pré-remplissage possible.
À partir de quel montant une note de restaurant doit-elle comporter une facture électronique ?
Au-delà de 150 € HT, la note de restaurant doit être établie sous forme de facture électronique complète, au nom de l'entreprise, avec l'ensemble des mentions obligatoires.
En dessous de ce seuil, une tolérance administrative permet au restaurateur de ne pas identifier nommément le client : la note de restaurant continue de faire foi comme justificatif classique, numérisé ou photographié, à condition de mentionner le taux et le montant de la TVA. Cette tolérance, fixée à 150 € HT, résulte de la doctrine fiscale existante (BOI-TVA-DECLA-30-20-20-20, § 130) et n'est pas propre à la réforme de la facturation électronique : elle s'y articule simplement. Au-delà du seuil, le collaborateur doit communiquer le SIREN de la société ; le routage vers la PA de l'entreprise s'effectue ensuite automatiquement via l'annuaire central, sans démarche technique supplémentaire de sa part.
Comment traiter les tickets de péage et de parkings dans le cadre de la réforme ?
Les tickets délivrés par les automates de péage ou de parkings restent, dans la grande majorité des cas, hors du champ de la facturation électronique structurée : les automates ne peuvent techniquement pas capter le SIREN de la société.
Ces justificatifs relèvent donc de l'e-reporting et doivent être conservés puis complétés par le collaborateur pour permettre la déduction de la TVA. La situation diffère pour les abonnements de télépéage ou les cartes carburant facturés mensuellement à l'entreprise : ces prestataires émettent, eux, de véritables factures électroniques transmises par e-invoicing.
Comment éviter le risque de double comptabilisation entre note de frais et facture électronique ?
L'entreprise doit rapprocher automatiquement facture électronique, transaction et note de frais avant toute validation comptable ou tout remboursement. Ce contrôle vise deux risques réels : une dépense enregistrée deux fois en charge, ou un collaborateur remboursé à tort pour une dépense déjà réglée via une carte d’entreprise, et non un double règlement au fournisseur, qui est déjà payé si le collaborateur a réglé sur place.
Le suivi du statut « Encaissée » dans le cycle de vie de la facture électronique permet de signaler qu'une facture a déjà été acquittée. C'est un point de vigilance que toute PA, comme Agicap, intègre nativement dans son traitement des factures.
Les frais kilométriques et les dépenses à l'étranger entrent-ils dans le champ de la facturation électronique ?
Non, ces deux catégories restent en dehors du champ de la facturation électronique domestique. Les frais kilométriques ne correspondent à aucune facture fournisseur : ils font l'objet d'une déclaration interne selon le barème et la politique de dépenses de l'entreprise.
Les dépenses engagées à l'étranger relèvent, elles, de règles distinctes d'e-reporting international. Le justificatif doit néanmoins être conservé et contrôlé dans l'outil de gestion des dépenses, au même titre que les autres frais de déplacement, pour sécuriser la TVA lorsqu'elle est récupérable.
Quel est le rôle du SIREN et de l'adresse de facturation électronique dans le remboursement d'une note de frais ?
Le numéro SIREN de la société permet au fournisseur d'identifier l'entreprise cliente et d'interroger l'annuaire central pour retrouver la PA à laquelle transmettre la facture électronique, c'est-à-dire son adresse de facturation électronique enregistrée dans cet annuaire.
Sans ce numéro, le fournisseur ne peut pas établir de facture électronique conforme au nom de l'entreprise : la dépense bascule alors dans le circuit de l'e-reporting, avec une TVA déductible non pré-remplie et à sécuriser manuellement. Il est donc recommandé que les collaborateurs connaissent le SIREN de leur entreprise lors de leurs déplacements professionnels, pour toute dépense susceptible de dépasser 150 € HT. Agicap, PA immatriculée par la DGFiP, réceptionne ces factures et les rapproche automatiquement des notes de frais correspondantes.
