Notes de frais et facturation électronique : ce que change la réforme pour les entreprises en 2026
La généralisation de la facturation électronique à compter de 2026 ne se concentre pas uniquement sur les échanges entre entreprises. Elle transforme également certains processus internes, dont le traitement administratif et comptable des notes de frais. A ce titre, elle représente pour les entreprises une opportunité de structurer, sécuriser et automatiser la gestion des notes de frais tout en améliorant la visibilité sur la dépense et le cash.
Dans le cadre de la réforme française sur la facturation électronique dont la mise en œuvre se fera progressivement entre les 1er septembre 2026 et 2027, toutes les entreprises assujetties à la TVA devront être en mesure d’émettre et de recevoir des factures électroniques (e-invoicing) et de transmettre les données de paiement et de transaction à l’administration (e-reporting). Une règle à laquelle les factures liées aux notes de frais n’échappent pas.
Cependant, compte tenu de la diversité des processus utilisés par les entreprises et leurs collaborateurs pour payer ces notes de frais, la réforme a identifié plusieurs « cas d’usage » les concernant. Ces derniers jouent un rôle central dans la mise en place de la facturation électronique. Ils permettent d'encadrer la diversité des situations rencontrées par les entreprises, bien au-delà du simple schéma d'émission d'une facture BtoB standard. Sur les 44 cas d’usage définis à ce jour par l’administration fiscale, 5 concernent ainsi les notes de frais.
Les impacts de la réforme sur les processus de gestion des notes de frais
Ces cas d’usage relatifs aux notes de frais permettent notamment d’en définir les modalités de traitement dans le cadre de la réforme sur la facturation électronique. Ces modalités sont en effet différentes si la facture est établie au nom de l’entreprise ou à celui du collaborateur.
Notes de frais concernées par l’e-invoicing
Si le collaborateur avance les frais mais demande une facture au nom de l’entreprise (cas numéro 5), cette dernière relève dans le cadre de la réforme, du e-invoicing. Le vendeur transmettra alors la facture sous format électronique (Factur-X, CII, UBL) via une plateforme agréée (PA) à l’entreprise avec la mention « facture déjà payée ». Le collaborateur pourra pour sa part faire sa demande de remboursement sur la présentation d’un justificatif, comme auparavant. Les outils de gestion de notes de frais doivent dans ce cas pouvoir prendre en compte les différents formats de facture électronique.
Une transaction par une carte logée ou une carte bancaire professionnelle entraîne pour sa part automatiquement l’émission d’une facture électronique et s’inscrit également dans le cadre du e-invoicing (cas numéro 7).
Dans un cas comme dans l’autre, l’entreprise pourra récupérer la TVA sur ces paiements.
Notes de frais concernées par l’e-reporting
En revanche, si le collaborateur avance les frais sans demander de facture adressée au nom de l’entreprise, il s’agit d’une transaction BtoC (cas numéro 6). A ce titre et comme pour toutes les factures BtoC, mais aussi pour les transactions avec les fournisseurs étrangers, elle sera uniquement soumise à l’obligation d’e-reporting de données de paiement et de transaction auprès de l’administration fiscale. Il en va de même pour les paiements des péages et automates de parking effectués par les collaborateurs (cas numéro 27), ainsi que pour les notes de restaurant inférieures à 150 € (cas numéro 28).
Dans le cadre de ces transactions, le collaborateur continuera d’être remboursé par l’entreprise sur la base du justificatif fourni (une tolérance administrative est à ce sujet prévue sur les tickets de péage et parking ainsi que sur les notes de restaurant, pour que l’entreprise puisse être éligible à la déduction de TVA). La démarche nécessite néanmoins une intégration fluide entre l’application de gestion des notes de frais et la Plateforme Agréée de l’entreprise, qui aura en charge le e-reporting.
La facturation électronique, une opportunité d’inclure les notes de frais dans le pilotage global des dépenses
« La réforme ne supprime donc pas les notes de frais mais elle transforme leur traitement administratif et fiscal » , précise Manuelle Douroux, Directrice BU Gestion des dépenses collaborateurs chez Agicap. Elle pousse les entreprises à repenser leurs pratiques internes et à automatiser leur processus de gestion des dépenses et notes de frais. « Cette réforme représente également une opportunité d’intégrer la gestion des notes de frais dans le pilotage global des dépenses de l’entreprise ». Une démarche d’autant plus importante à réaliser que 63% des DAF ont des difficultés à maîtriser les dépenses sauvages qui ne respectent pas les budgets établis ou qui contournent les processus d’approbation (Etude Agicap le “Panorama PME-ETI 2025 : Les défis de la gestion du poste fournisseurs”). Or, la fréquence et l’importance des dépenses “sauvages” sont des indicateurs clés de l’efficacité des processus budgétaires et du contrôle des dépenses dans une entreprise.
Procédures et moyens de paiement liés aux frais professionnels mieux définis
« Avec la réforme sur la facturation électronique, les entreprises vont ainsi être amenées à formaliser les règles internes en matière de gestion des notes de frais et de moyens de paiement ce qui, in fine, contribuera à sécuriser la récupération de la TVA, à éviter les erreurs déclaratives et à renforcer le pilotage des dépenses et notes de frais des collaborateurs », poursuit Manuelle Douroux. Elle est en effet l’occasion de définir clairement les moyens de paiement à privilégier, les justificatifs acceptés, les plafonds autorisés, les circuits de validation requis. Elle permet également aux entreprises de poser les conditions préalables à un remboursement, telles que par exemple l’obligation de fournir une facture au nom de l’entreprise.
« Au-delà des impacts en amont sur les politiques internes de dépenses, la réforme aura aussi des effets en aval sur le traitement comptable des justificatifs et factures », précise Manuelle Douroux. En automatisant le rapprochement entre les factures électroniques reçues via leur Plateforme Agréée et les notes de frais soumises par les salariés, les entreprises amélioreront alors leur fiabilité comptable et accéléreront les délais de traitement de ces notes de frais. Cette automatisation libérera du temps pour les équipes financières qui pourront dès lors se concentrer sur des tâches à plus fortes valeur ajoutée.
Cette formalisation des pratiques contribuera ainsi à une meilleure gouvernance des dépenses.
Une gestion des dépenses automatisée et centralisée
En obligeant les entreprises à recevoir et traiter des factures électroniques structurées via des Plateformes Agréées, la réforme favorise également l’automatisation, la standardisation des données et l’intégration entre les outils comptables et financiers. « Les notes de frais, qui étaient souvent gérées de manière plus isolée (applications dédiées, circuits d’approbation parallèles, ressaisies comptables), pourront désormais être intégrées dans un même écosystème digital », souligne Manuelle Douroux. D’autre part, l’exigence de traçabilité de la réforme renforcera la qualité des données disponibles. Lorsque les dépenses engagées par les salariés sont adossées à des factures électroniques, au nom de l’entreprise, les informations deviennent exploitables en temps réel : nature de la dépense, fournisseur, taux de TVA, centre de coûts, projet concerné, etc. Cette richesse des données permet d’aller au-delà du simple remboursement, pour analyser des tendances, identifier d’éventuelles dérives budgétaires, négocier avec certains fournisseurs ou encore ajuster une politique interne.
La réforme est également une opportunité de centraliser l’ensemble des dépenses – achats fournisseurs classiques et frais engagés par les salariés – dans un système cohérent. L’entreprise obtient alors ainsi une vision consolidée de ses engagements financiers.
Intégrer la Plateforme Agréée avec l’outil de gestion des dépenses et notes de frais pour tirer le meilleur parti de la réforme
En intégrant un outil de gestion des dépenses et des notes de frais à sa PA, une entreprise réalise des gains bien supérieurs à la simple conformité : elle sécurise et fiabilise ses processus, et bénéficie d'un pilotage bien plus fin de ses dépenses.
Sécurisation de la conformité
Une Plateforme Agréée assure la réception et l’émission des factures électroniques dans le respect des exigences fiscales. Si l’outil de gestion des dépenses et des notes de frais est directement intégré dans la PA, les factures reçues au nom de l’entreprise peuvent alors être automatiquement rapprochées des dépenses déclarées par les collaborateurs. Cette automatisation du processus limite ainsi les erreurs de saisie, les oublis et les risques de non-conformité en matière de TVA.
Récupération optimisée de la TVA
Lorsqu’un salarié engage une dépense et demande une facture au nom de l’entreprise, la facture électronique est reçue via la Plateforme Agréée de l’entreprise et intégrée directement dans son système comptable sans ressaisie. Le lien entre la note de frais et la facture structurée est également assuré automatiquement. L’intégration de l’outil de notes de frais avec la PA sécurise ainsi le droit à déduction de TVA et réduit le risque de perdre tout ou partie de la TVA faute de justificatif conforme.
Automatisation des processus
Cette intégration contribue par ailleurs à l’automatisation de l’ensemble des processus liés à la gestion des notes de frais et au contrôle des dépenses (workflows, règles, budgets, plafonds de cartes…). Elle facilite ainsi la collecte des pièces et permet de supprimer les doubles saisies entre l’application de notes de frais, la comptabilité et la plateforme de facturation électronique. Les données circulent de manière fluide : affectation analytique, centre de coûts, intégration dans les prévisions de trésorerie. Les délais de traitement sont réduits et les remboursements peuvent être accélérés.
Amélioration du pilotage des dépenses
En centralisant les factures fournisseurs, flux bancaires, paiements par cartes et notes de frais dans un même environnement, l’entreprise dispose également d’une vision globale de ses dépenses avec un détail précis dépense par dépense. Elle peut ainsi analyser les dépenses selon leur typologie, par équipe ou par fournisseur et mettre en place des actions pour mieux les optimiser.
Renforcement du contrôle interne
Compléter sa Plateforme Agréée par un outil de gestion des dépenses robuste permet de renforcer le contrôle interne. Les règles de validation peuvent en effet être paramétrées directement dans l'outil (plafonds, justificatifs obligatoires, conformité fiscale), réduisant ainsi les risques de fraude. Les rapprochements automatiques entre facture électronique et note de frais limitent par ailleurs les erreurs comptables, mais aussi les doubles paiements, l'un des principaux risques de la réforme : le remboursement de la note de frais du collaborateur cumulé au paiement fournisseur via la facture reçue directement par la Plateforme Agréée.
Expérience utilisateur améliorée
Enfin, grâce à cette intégration, les collaborateurs disposent d’un outil unique pour déclarer leurs frais, suivre l’état de leurs remboursements et s’assurer que les justificatifs sont conformes (application mobile, cartes adaptées). Les équipes financières, de leur côté, gagnent du temps et peuvent se concentrer davantage sur l’analyse et le pilotage que sur les tâches administratives.
Autant de bénéfices qui pourraient être encore bien plus importants si la Plateforme Agréée et la solution de gestion des dépenses et des notes de frais étaient dans le même environnement que la trésorerie et la gestion du cycle achats.
Agicap réunit dans un même environnement la Plateforme Agréée, la gestion des dépenses et des notes de frais, et le pilotage de trésorerie. Vous souhaitez découvrir comment tirer le meilleur parti de la réforme sur la facturation électronique ? Demandez une démonstration personnalisée
